４月に一時的に卒業生と新入生の両方のIDデータが存在してしまい、一時的にユーザー数が増えてしまうのですが、どう対応すれば良いですか？

登録ユーザー数が一時的にライセンス数を超えても、40日間は動作します。
40日後に停止しますので、それまでに必要の無いユーザーを連携するユーザー認証サーバーから削除するか、非有効グループとして参照しないような設定にする必要があります。